Εξαιτίας της ποικιλίας του εδαφικού ανάγλυφου, το οποίο διασχίζει η Εγνατία Οδός, σε συνδυασμό και με περιβαλλοντικούς όρους, απαιτήθηκε η κατασκευή (πρόβλεψη) 73 δίδυμων οδικών σηράγγων, συνολικού μήκους 100 χλμ. (ανηγμένα σε μονό κλάδο) και σε μήκος αυτοκινητοδρόμου 50 χλμ.

Αυτό σημαίνει ότι το 7% του μήκους του οδικού άξονα είναι σήραγγες, ενώ το κόστος κατασκευής τους είναι περίπου το 30% της συνολικής δαπάνης κατασκευής της Οδού.

Οι περισσότερες σήραγγες κατασκευάζονται με τη μέθοδο της διάτρησης [bored tunnels], ενώ μικρός αριθμός κατασκευάζεται με τη μέθοδο της εκσκαφής και επανεπίχωσης [cut & coverΓ].

Καθοριστικό στοιχείο του σχεδιασμού τους αποτελεί η πρόβλεψη εγκάρσιων διαδρόμων διαφυγής μεταξύ των κλάδων της σήραγγας για την περίπτωση πυρκαγιάς. Επίσης, ιδιαίτερο βάρος δίδεται στην εγκατάσταση υψηλών προδιαγραφών συστήματος παρακολούθησης και ελέγχου γενικώς της ασφαλούς λειτουργίας των σηράγγων.

Επίσης, εφαρμόζεται ειδικό σύστημα αερισμού κατά μήκος, τόσο σε συνθήκες κανονικής λειτουργίας όσο και εκκαπνισμού σε συνθήκες έκτακτης ανάγκης – πυρκαγιάς. Το σύστημα λειτουργεί αυτόματα (και χειροκίνητα εάν απαιτείται), για τον έλεγχο και την διατήρηση της ποιότητας του αέρα των σηράγγων σε επιθυμητά επίπεδα. Τέλος, κέντρα ελέγχου με υψηλού επιπέδου συστήματα τηλεματικής εξασφαλίζουν την ασφαλή και οικονομική λειτουργία των σηράγγων όπως και όλου του Αυτοκινητοδρόμου.

Το κόστος των σηράγγων κυμαίνεται από 8.000 ευρώ ανά μέτρο μήκους έως 30.000 ευρώ ανά μέτρο μήκους.
Το συνολικό κόστος κατασκευής των σηράγγων της Εγνατίας Οδού ανέρχεται περίπου στα 1.800 εκατ. ευρώ, συμπεριλαμβανομένου του ΦΠΑ.

Οι σημαντικότερες κατασκευασμένες σήραγγες:

Σήραγγα Δρίσκου
Μήκος: 4.600μ. ο κάθε κλάδος

Σήραγγα Μετσόβου
Μήκος: 3.500μ. ο κάθε κλάδος

Σήραγγα Δωδώνης
Μήκος: 3.360μ. ο κάθε κλάδος

Σήραγγα Σ10 Kαστανιά
Μήκος: 2225μ. ο κάθε κλάδος

Σήραγγα Ανήλιου
Μήκος: 2.100μ. ο κάθε κλάδος